
In Ninja Gaiden 3 maken spelers kennis met de "menselijke kant" van hoofdrolspeler Ryu Hayabusa. Maar ook op visueel vlak zijn er flink wat veranderingen doorgevoerd. Zo heeft Hayabusa nu een nieuw
metallic black-kostuum en zijn tenen zijn bedekt met metaal. Ook het feit dat Ryu's arm vervloekt werd in Ninja Gaiden II, heeft invloed op het verhaal van dit deel.