Na het origineel op de Nintendo 64 en het tweede deel op de Gamecube is Super Paper Mario dus de derde in serie van de ‘verknipte’ Mario franchise. Kenmerk van de serie is namelijk dat alles wel lengte en breedte heeft, maar zo plat is als een dubbeltje. Dit brengt bijzondere gameplay elementen met zich mee, zoals het liften op de wind als een papiertje.
In de game is het mogelijk om naar 3D te switchen. Hoewel de omgeving dan drie dimensies heeft, blijven de level-elementen ‘plat’. Ook dit biedt weer grappige mogelijkheden, aangezien Mario door vrijwel alle gaatjes kan. Naast Mario is ook Browser en Princes Peach speelbaar.
Tijdens het spelen van de game wordt de controller horizontaal bedient, zoals we eigenlijk altijd gewend waren van een Mario-game. De pijltjestoetsen zitten dan links en met de 2-knop, rechts gepositioneerd, spring je. De A button zal hét gameplay element van de game bevatten. Hiermee switch je namelijk van de uitgeknipte 2D-stijl naar 3D. Extra punten worden verdient wanneer je met de controller schudt en op een vijand springt.
