Final Fantasy XIII neemt je mee naar een wereld die uit twee delen bestaat: hoog boven de grond zweeft Cocoon, de plek waar mensen wonen, en het gebied op de grond heet Pulse. Elk gebied wordt beheerst door een fal'Cie, een wezen dat is ontstaan uit kristallen. Mensen die door de fal'Cie worden uitverkoren om een groter doel te dienen, heten l'Cie (spreek uit als "luh-sie"). Elke l'Cie heeft een Focus, een doel dat je volgens de fal'Cie moet vervullen binnen een bepaalde tijd, maar de fal'Cie zegt niet expliciet wat dat doel is. L'Cie krijgen de kracht om Eidolons op te roepen, monsters die samen met hen vechten. Deze kracht kent echter een prijs: als een l'Cie sterft voordat zijn of haar Focus is vervuld, of als het de l'Cie niet op tijd lukt om de Focus te vervullen, verandert hij of zij in een monster genaamd Cie Corpse. Zodoende zien mensen het als een vloek als ze uitverkoren worden om een l'Cie te worden.In de loop der tijd zijn de mensen in Cocoon steeds banger geworden voor de wildernis van Pulse, met als gevolg dat de overheid van Cocoon iedereen laat verbannen die ook maar iets te maken lijkt te hebben met Pulse. Een ware klopjacht ontstaat en het PSICOM-leger van Cocoon treedt met harde hand op. Niet iedereen is het eens met deze manier van optreden, waaronder de vlotte, blonde jongen Snow, die samen met enkele medestrijders Team Nora vormt en in opstand komt.
Door toeval komt Snow echter de hoofdpersoon van Final Fantasy XIII tegen, de pittige dame Lightning (een vrouwelijke versie van Cloud uit Final Fantasy VII). Lightning is een voormalig lid van het leger van Cocoon en samen met de afro-man Sazh vecht ze zich een weg naar de fal'Cie van Pulse. Het avontuur wordt nog spannender als Lightning, Sazh, Snow en de twee bannelingen, Vanille en Hope, tegen hun wil worden uitverkoren door de fal'Cie van Pulse om l'Cie te worden en daarmee ook direct vijanden van de mensheid worden.
