Splinter Cell speelt zich af in 2004 en we stappen in de schoenen van Sam Fisher, een agent die werkt voor Third Echelon en vooral goed is om onopvallend vijanden uit te schakelen. Stealth speelt zodoende een hele grote rol in de game, waarbij je eropuit wordt gestuurd om de verdwijing van twee CIA-agenten te onderzoeken in Georgië.