Het begin van de game wordt ingeluid met een sfeervol en hevig opgepoetst filmpje, waarin een jongen ziet hoe zijn vader wordt vermoord door een maffiabende. We schrijven 1936 en het arme kind wordt geadopteerd door Vito Corleone himself, de Godfather. Dit zet meteen de toon voor het verdere verloop van de game; je wil wraak. Het spel spoelt een tiental jaar door en we komen uit in het einde van de jaren '40. In de gameversie van The Godfather speel je een iets andere hoofdpersoon dan in de gelijknamige film. Nadat je min of meer gered bent door Luca Brasi van een stel gasten die op je aan het inbeuken waren, word je meteen meester gemaakt van de besturing, de basisprincipes en het Black Hand-gevechtssysteem. Zo begint jouw avontuur binnen de maffiawereld...