Nadat de Deadly Alliance uit het vorige deel, Quan Chi en Shang Tsung, bijna iedereen uitgemoord heeft is nog alleen de zonnegod Raiden over. Maar de twee vechters verslaan ook hem en ze zijn heerser van Overworld. Maar dan keren ze zich tegen elkaar en beginnen te vechten. Wanneer ze uitgeput zijn verschijnt Onaga, The Dragon King, op het toneel. Quan Chi, Shang Tsung en Raiden proberen hem te verslaan, maar hij is veel te sterk. Dan begint het spel...
In Mortal Kombat: Deception zijn er twee belangrijke modes: de Arcade mode en de Konquest mode. In de Arcade mode kun je de Story mode spelen, Versus spelen tegen een vriend of Practice. In de Story mode werk je je zoals in elke Mortal Kombat langs vele vechters om uiteindelijk bij Onaga uit te komen. Dit is behoorlijk lastig en de vijanden en arena's zijn gevarieerd.
