Aan het begin van Mario & Luigi: Bowser's Inside Story worden Mario en Luigi in verkleinde vorm door Bowser opgeslokt, waarna een avontuurlijke reis door zijn verschillende lichaamsdelen begint! Deze reis wordt op het onderste scherm getoond, terwijl het ook mogelijk is om over te schakelen naar het bovenste scherm en daarop Bowser te besturen. Zo kan de speler wanneer hij maar wil wisselen tussen de Mario-broers en Bowser, wat zorgt voor tal van unieke spelmogelijkheden.De valse Fawful wil Mushroom Kingdom veroveren en weet Bowser met een list zover te krijgen dat hij iedereen uit het kasteel van Princess Peach opslokt! Mario en Luigi zullen met hun voormalige aartsvijand Bowser moeten samenwerken om Fawful te stoppen en Mushroom Kingdom te redden… maar is Bowser te vertrouwen? Dit spel is het vervolg op Mario & Luigi: Partners in Time dat in 2006 voor de Nintendo DS verscheen.
