Het is de 26e eeuw en de mensheid bestaat nog steeds. Beter nog: we hebben een hele batterij aan planeten gekoloniseerd. Natuurlijk bleek er ook ander leven in het universum te bestaan, waaronder de Covenant: een aantal verschillende buitenaardse wezens samengebracht door een geloof. Dat geloof bepaalt helaas ook dat de mensheid uitgeroeid moet worden.
Vlak voor het begin van Halo valt de Covenant een heel belangrijke basis aan op de planeet Reach. Daar werd onder andere het SPARTAN-II-project gedaan. Het resultaat van dat project ben jij, Master Chief, een supersoldaat. Reach valt echter (en met Reach alle andere supersoldaten) en jij komt nog net weg aan boord van de Pillar of Autumn, maar omdat niemand de Covenant naar de Aarde mag leiden maakt dat schip een willekeurige sprong de ruimte in met de Covenant in het kielzog. Die sprong eindigt bij Halo, een mysterieuze ring in de ruimte...
