Brothers: A Tale of Two Sons vertelt het verhaal van Naiee, die bij het graf van zijn moeder staat. Hoewel hij geprobeerd heeft zijn moeder te redden, is zij toch verdronken in de zee. Zijn oudere broer Nyaa vraagt hem mee, omdat hun vader ziek is. Ze gaan naar de huisarts, die echter vertelt dat alleen het water van de Boom des Levens helpt om hem te genezen. Ze verlaten het dorp en de twee broers trekken de bergen in. De game draait om de interactie tussen Naiee en Nyaa. Elke analoge stick van de controller bedient één van de broers en door samen te werken kunnen ze puzzels oplossen. Dialogen met vreemden zijn met beide broers anders, waardoor Brothers: A Tale of Two Sons iets meer dynamiek kent.