Onlangs maakte Nintendo bekend dat het vorig jaar verschenen Super Mario Maker op 2 december zijn opwachting zal maken op de 3DS. De 3DS-versie zal echter niet over alle tools beschikken om levels te bouwen die je in de Wii U-versie hebt. Daarnaast zul je met Super Mario Maker voor de 3DS ook geen levels online kunnen delen, al kan je dan weer wel alle Wii U-levels downloaden en spelen.
Met het onthullen van de boxart van Super Mario Maker voor de 3DS is nu nog een andere beperking van de handheldeditie van Super Mario Maker aan het licht gebracht. Super Mario Maker 3DS zal namelijk enkel in 2D te spelen zijn en de speciale 3D-modus van de 3DS dus niet gebruiken.