SEGA heeft uitgelegd hoe de DRM-beveiliging op de PC van Alpha Protocol zal werken. Allereerst heet de beveiliging, zoals men eerder al onthulde, Uniloc DRM. Om de game te kunnen spelen zal je geen constante internetverbinding nodig hebben, maar je dient het spel wel eenmalig online te activeren.
Alpha Protocol kan vervolgens op maximaal vijf PC’s geïnstalleerd worden. Daarnaast voegde SEGA er nog aan toe dat ze proberen om na minimaal twee jaar na de releasedatum, de DRM-software van de game af te halen.