Episode Two gaat verder waar de eerste stopte. Alyx blijkt nog in leven te zijn en verder zullen de Vortigaunts (de behulpzame aliens) een belangrijke rol spelen. De game zal zich, in tegenstelling tot de eerste episode, vooral afspelen in grote, uitgestrekte gebieden. De gevechten met de Combine (de slechte aliens) en de Striders (de grote robotspinnen) zullen daardoor ook wat uitgebreider en massaler zijn dan voorheen. Verder krijg je in Episode Two te maken met een nieuwe tegenstander: de Hunter. Dit is een soort mini-Strider die naast een behoorlijke snelheid ook nog eens beschikt over een flinke voorraad kogels. Een andere toevoeging aan de game is de Strider Buster. Over dit nieuwe wapen zijn nog weinig details prijs gegeven, maar het doel van deze gadget moge duidelijk zijn.
