In Prototype 2 speel je met sergeant James Heller. Hij wil wraak nemen op Alex Mercer, de protagonist uit het eerste deel, omdat Mercer zijn vrouw en dochter vermoordde. Ze staan dus lijnrecht tegenover elkaar, al hebben ze wel één ding gemeen: beide mannen kijken niet op een hectoliter bloed meer of minder. Dat wordt immers wel duidelijk in bovenstaande trailer.