SEGA heeft de mensen van Eurogamer laten weten dat de PC-versie van Alpha Protocol gebruik zal maken van Uniloc DRM. Deze kopieerbeveiliging kwam eind 2008 nog onder vuur te liggen toen spelers van Football Manager 2009 problemen hadden met de online aanmelding van hun spel. SEGA liet weten dat dit kwam door de enorme populariteit van de game en een klein probleem met het online aanmaken van keys.
Inmiddels moeten dergelijke problemen verholpen zijn en belooft SEGA een vriendelijke en onopvallende DRM-oplossing, die zal werken zonder dat je spelervaring eronder te lijden heeft.